世界征服を目論む秘密組織エーテライゼンを壊滅させ、日常を取り戻した天乃木晶と楓の姉妹。
しかしある日の放課後、突如その平穏は破られてしまう。
胸に埋め込まれたセイクリッドジュエルが『敵』の存在を告げるのだ。
まさかと思いながらも急遽その場へと向かってみる二人。

するとそこには――、
エーテライゼンの戦闘員であるクローン兵たちが街中で暴れていた！
しかも、やめさせようにも楓の言うことなど意にも介さない。
かつてエーテライゼンにさらわれ、彼らの女王たる『ミューゼリオン』にされた楓の言葉には強せい力があるというのに。

なぜ再び敵が現れたのか。
なぜ楓の能力が効かないのか。
戸惑いながらも晶は『ミストルティア』へと変身し、再び戦いに身を投じる。